Родился 22 июня 1952 г. в Челябинске. В 1975 г. с отличием окончил приборостроительный факультет Челябинского политехнического института. Доктор технических наук (1993), профессор (1995). В 1975-1979 гг. – преподаватель-стажер, младший научный сотрудник кафедры систем автоматического управления ЧПИ. Был зав. кафедрой информационно-измерительной техники. С 1996 года - декан приборостроительного факультета, с 1999 года – проректор по научной работе, в 2005-2022 гг. - ректор Южно-Уральского государственного университета; с 2022 года - Президент ЮУрГУ.
Под руководством А.Л. Шестакова в 2010 г. ЮУрГУ - единственному вузу в УрФО - присвоена категория "национальный исследовательский университет".
Депутат Законодательного Собрания Челябинской области IV-VII созывов.
Награжден медалями "300 лет Российскому флоту", "Имени академика В.П. Макеева", "Имени академика Н.А. Семихатова". Заслуженный работник высшей школы РФ, Почетный работник высшего профессионального образования РФ.
Почетный депутат Челябинской области (2024).
Автор более 90 научных публикаций. Действительный член Метрологической академии России.